（一）中長期發展目標調整頻繁 各層級各專項規劃不能有效銜接
《可再生能源法》明確規定，國務院能源主管部門根據全國能源需求與可再生能源資源實際狀況，制定全國可再生能源開發利用中長期總量目標，報國務院批準后執行，并予公布；會同省、自治區、直轄市人民政府確定各行政區域可再生能源開發利用中長期目標，并予公布。同時明確規定，國務院能源主管部門會同國務院有關部門，根據全國可再生能源開發利用中長期總量目標和可再生能源技術發展狀況，編制全國可再生能源開發利用規劃，報國務院批準后實施；國務院相關部門應當制定有利于促進全國可再生能源開發利用中長期總量目標實現的相關規劃。編制可再生能源開發利用規劃，應當遵循因地制宜、統籌兼顧、合理布局、有序發展的原則，規劃內容應當包括發展目標、主要任務、區域布局、重點項目、實施進度、配套電網建設、服務體系和保障措施等。
發展目標調整頻繁。政府規劃和文件中提出的發展目標頻繁調整，很難有相對穩定的五年目標；目標與規劃實際執行情況相差很大，規劃指導性較差。
地方規劃與國家規劃脫節。按照法律規定，省級政府能源主管部門會同有關部門，依據全國可再生能源開發利用規劃和本行政區域可再生能源開發利用中長期目標，編制本行政區域可再生能源開發利用規劃，經本級人民政府批準后，報國務院能源主管部門和國家電力監管機構備案，并組織實施。受各方面因素影響，一些省及地區新能源發電發展規劃僅考慮資源情況，本省中長期規劃目標遠遠大于國家能源主管部門確定的各省中長期目標，兩級規劃目標缺乏協調和制約。
新能源發電規劃與其他電源規劃脫節。電力生產消費是瞬間完成的實時平衡過程，新能源發電的消納能力取決于3方面:一是電力系統發電出力特性，技術上取決于系統電源結構，發電出力特征越是與系統用電特性相似，電力系統的消納能力就越強；二是電力系統用電特性，若通過實時電價等經濟手段使用電特性相似于新能源發電出力特性，電力系統的消納能力也就越強；三是消納新能源發電的電力系統規模，技術上取決于電網規模，規模越大，消納新能源發電的能力也就越強。在制定國家新能源發電規劃特別是大型新能源基地的新能源發電規劃中，沒能充分考慮系統電源結構、制定相應的配套調峰調頻電源規劃，實踐中未能同步布局建設相應的配套調峰電源，隨著大規模風電并網，直接導致電力系統因調峰能力不足而限制新能源發電出力。
新能源發電規劃與電網規劃脫節。主要表現在新能源發電規劃中沒有明確具體承擔接入電力系統的電網工程。中西部新能源富集地區電網結構薄弱，消納能力極其有限，大規模開發需要輸送到所在區域電網甚至是其他區域電網來消納。同時，新能源項目建設周期短，電網建設周期長，使得新能源項目與配套電網項目投產不同步而造成并網難。
新能源發電規劃與消納市場脫節。新能源發電規劃多側重于資源及開發規劃，在規劃中沒有具體的消納方案。大型新能源基地的大規模集中開發因未能明確具體的消納方案和跨大區送電電網工程，即使并入了本地區電網，也會因本地區消納能力有限而出現實際發電出力受限、風電場棄風現象。
（二）缺乏有力的項目審批統一協調機制 新能源發電項目與配套電源項目審批相脫節
考慮到合理的建設周期，為了提高新能源發電消納能力，需要超前建設相應的配套調峰電源或儲能設施，以確保同步投產，達成提升消納能力目標。目前很難見到這類工程開工。
新能源發電項目與配套電網項目審批相脫節。新能源發電項目核準時，很少明確具體的配套電網工程。兩者核準分屬于同一能源主管部門的不同司局，由于缺乏有力的協調機制，常常導致電網核準滯后于發電項目，按照國家有關法規，電網工程難以做到與發電同時投產。
審批權限的劃分造成新能源項目拆分嚴重。一些地方政府和投資企業規避國家審批，紛紛拆分建設，不利于集約化發展。
（三）法律法規和政策有待進一步完善
主要是《可再生能源法》的配套實施細則沒有出臺到位，主要有：一是法律中規定的各方責任沒有具體細則進行規范，更沒有形成具體的責任追究制度。二是法律確定的國家實行可再生能源發電全額保障性收購制度尚未有具體辦法予以明確和規范。三是政府部門尚未依法制定出電網企業優先調度可再生能源發電的具體辦法。四是新能源輔助服務補償政策不完善。五是接網補貼政策標準偏低。六是鼓勵調峰電源建設的電價政策需盡快出臺。七是鼓勵新能源發展的財政資金來源需進一步保障。八是分布式電源管理細則需盡快出臺。
（四）產業發展的基礎工作有待加強 資源評估工作滯后
風能資源普查和評估主要是依靠氣象站和測風塔在有限時間段內的觀測記錄，用統計分析方法得到，導致風能資源評估成果與風電場區域的實際情況存在較大偏差。國家層面僅根據部分氣象站觀測資料對太陽能輻射進行了初步估算。生物質資源評估仍需對可利用土地做進一步的評價。地熱能、海洋能大都是估算。
電網調度計劃管理難度大。新能源出力具有隨機性、間歇性和波動性的特點，導致預測新能源出力難、準確度低。標準體系有待完善，發布相對滯后。技術標準推出速度滯后于新能源發電行業發展要求。
檢測與認證能力亟待加強。風電受檢測設備數量、風況等多種因素的制約，出現了排隊檢測現象。由于設備和條件的限制，我國光伏檢測認證水平與國際先進水平相比存在一定差距。
風電裝機容量統計標準需明確，離網新能源統計難度大。吊裝容量、并網容量等的不同統計口徑數據在實際使用中很容易造成混淆和誤解。受統計手段制約，目前離網新能源發電容量難以統計。
（五）設備性能和建設運行水平有待進一步提高
據國家電監會2011年12月2日發布的《風電安全監管報告》，2011年1-8月全國共發生193起風電機組脫網事故。這些事故多是由于發電設備性能和建設運行水平較低造成的。
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